Las actividades de la Fundación:
- El estudio, la investigación y la extensión cultural en el campo de las ciencias naturales con especial referencia a la conservación y protección del medio ambiente.
- El desarrollo de una tarea educativa de concientización para la preservación de la fauna, flora, gea y biodiversidad de todo el país, del Noroeste Argentino en particular y de naciones limítrofes.
- La formación de investigadores jóvenes en laboratorios e institutos junto a investigadores avanzados, realizando docencia de especialidad superior reconocidos como cursos superiores y de especialización.
- Elaborar estudios de base que vienen permitiendo la creación de parques y reservas en el norte argentino y países limítrofes para proteger la naturaleza, en una real extensión de actividades en el centro sudamericano a partir de convenios internacionales firmados con organismos académicos de países vecinos.
- A todo esto se agrega la acción que viene desplegando con su Centro Cultural; educación, investigación y extensión de excelencia para interacción de ciencias y humanidades que forman parte, en un solo conjunto, de la expresión cultural, provocando así un diálogo enriquecedor del conocimiento.
- El fruto de este trabajo queda plasmado en una profusa actividad editorial, característica de la institución desde sus inicios.
La Fundación Miguel Lillo cuenta con tres áreas importantes: Zoología, Biología y Geología, en las que se realizan investigaciones periódicas.
Además, el Museo de Ciencias Naturales y el Centro Cultural Alberto Rougés dependen de las institución y constituyen un puente con la comunidad.